Pemerintah Kalurahan Condongcatur berdiri pada tanggal 26 Desember 1946 berdasarkan Maklumat Pemerintah Daerah Istimewa Yogyakarta Nomor 5 Tahun 1948

Sebelum tahun 1946 Wilayah Desa Condongcatur terbagi menjadi 4 (empat) Kalurahan, yang terdiri dari :

1. Kalurahan Manukan Lurah Desanya di Jabat oleh : Jayeng Sumanto, Beliau wafat dan di makamkan di Pemakaman Umum Padukuhan Manukan
2. Kalurahan Gorongan Lurah Desanya dijabat oleh : R.Ng. (Raden Ngabehi) Hadi Prasodjo, Beliau wafat dan dimakamkan di Pemakaman Umum Padukuhan Ngropo
3. Kalurahan Gejayan Lurah Desanya dijabat oleh : Sastro Diharjo, Beliau wafat dan dimakamkan di Pemakaman Umum Padukuhan Gejayan
4. Kalurahan Kentungan, Lurah Desanya dijabat oleh : Kromoredjo, Beliau wafat dan dimakamkan di Pemakaman Umum Komplek Kolombo Padukuhan Joho..

Pemerintah Kalurahan Condongcatur dari awal berdirinya tahun 1946 hingga sampai sekarang banyak mengukir sejarah dan prestasi yang diraihnya, Pemerintah Kalurahan Condongcatur semakin mantab dan terarah dalam pengelolaan manajen Pemerintah Desa, berdasarkan Undang-Undang Nomor 34 Tahun 2014 dan Peraturan Pemerintah RI Nomor 72 Tahun 2005 tentang Desa, dalam wadah Negara Kesatuan Republik Indonesia.